দেশের পরিবেশ সংরক্ষণে বাংলাদেশ নৌবাহিনী সব সময় অবদান রেখে চলেছে। এই ধারাবাহিকতায় কক্সবাজারের মহেশখালী উপজেলায় ও সোনাদিয়া দ্বীপে বাংলাদেশ নৌবাহিনীর নেতৃত্বে যৌথ অভিযান পরিচালিত হয়। অভিযানে প্যারাবনের গভীরে স্থাপিত একটি অবৈধ দেশীয় মদ তৈরির কারখানা এবং মদ তৈরির উপকরণ ধ্বংস করা হয়। এছাড়াও, সোনাদিয়া দ্বীপে বন বিভাগের জমি দখল করে গড়ে তোলা অবৈধ চিংড়ি ও কাঁকড়ার ঘের এবং তিনটি অবৈধ স্থাপনা আগুনে পুড়িয়ে ধ্বংস করা হয়। এ অভিযানে নৌবাহিনীর পাশাপাশি এবং বন বিভাগের সদস্যরা অংশগ্রহণ করেন।
বাংলাদেশ নৌবাহিনী সর্বদা পরিবেশের সুরক্ষা জাতীয় নিরাপত্তা এবং অবৈধ কার্যক্রম দমন করতে প্রতিশ্রুতিবদ্ধ।